以色列和伊朗接受了美國總統唐納德·川普提出的停火協議，以結束中東地區的「十二日戰爭」。此前，伊朗曾對卡塔爾的一個美軍基地進行有限的導彈反擊。儘管伊朗在週二凌晨對以色列發動了最後一波導彈襲擊，造成至少五人死亡，同時以色列也在黎明前空襲了伊朗境內多個目標，但雙方最終還是接受了這項協議。

總理內塔尼亞胡表示，以色列在與伊朗達成停火協議前，已與川普政府進行了協調。他向安全內閣報告，為期十二天的行動已達成所有目標，包括降低伊朗核武及飛彈發展的威脅。此外，以色列也攻擊了伊朗軍事指揮中心和多個政府重要據點，並控制了德黑蘭部分空域。內塔尼亞胡強調，任何違反停火協議的行為，以色列都將強烈反擊。

在凌晨四點前，以色列對伊朗城市進行了猛烈空襲。隨後，伊朗也發射了密集的炮火，迫使以色列居民趕緊躲進防空洞。以色列的救援組織表示，到天亮時，這次攻擊已經造成至少五人死亡，八人受傷。警方指出，伊朗的炮火也損壞了比爾謝巴城中至少三棟住滿人的住宅大樓。急救人員已經在一棟大樓裡發現了五具屍體，並且還在尋找更多受困的人，至少有二十人受傷。街道上到處都是被燒毀的汽車殘骸、碎玻璃和瓦礫。數百名急救人員正在尋找可能還被困在建築裡的人。警方甚至說，有些居民即使躲在自己家裡設計來防禦火箭和彈片的加固房間裡，也還是受了傷，因為這些房間無法承受彈道導彈的直接攻擊。

在美國總統宣布停火生效前，以色列南部的主要城市遭到導彈的直接攻擊。此前，伊朗曾向卡塔爾的美軍基地發射導彈，以回應美國對其核設施的轟炸。隨後，川普宣布以色列和伊朗已達成「全面停火」，並表示停火將於華盛頓時間午夜生效，為這場衝突畫上「正式的句號」。伊朗事先已警告美國，這次襲擊沒有造成人員傷亡。

川普稱以伊衝突為「十二日戰爭」，此名讓人聯想到以阿「六日戰爭」，當年以色列與埃及、約旦、敘利亞等阿拉伯國家交戰。對阿拉伯世界，特別是巴勒斯坦人而言，川普此言別具意義。

在1967年的戰爭中，以色列從約旦手中取得了約旦河西岸和東耶路撒冷，從埃及那裡得到了加沙地帶和西奈半島，並從敘利亞那裡得到了戈蘭高地。雖然以色列後來將西奈半島還給了埃及，但它仍然控制著其他地區。一位不願透露姓名的白宮高級官員表示，川普總統直接與以色列總理內塔尼亞胡溝通，以確保停火協議能夠實施。同時，副國務卿文斯、國務卿馬可·魯比奧和特使史蒂夫·威特科夫則通過直接或間接的方式與伊朗進行了對話。白宮一直強調，星期六的轟炸行動促使以色列同意停火，而卡塔爾政府也協助促成了這項協議。至於伊朗最高領袖阿亞圖拉·阿里·哈梅內伊在這次談判中扮演的角色，目前還不清楚；他之前曾在社交媒體上表示，他絕不會投降。

當局表示，伊朗的猛烈砲擊迫使該國在數小時內關閉了緊急航班的空域。據以色列媒體報導，一些航班因此被迫在地中海上空盤旋。自從與伊朗發生衝突以來，以色列的機場一直關閉，但最近幾天，少數緊急航班已獲准進出。週二凌晨，卡達航空恢復了航班，此前卡達曾因伊朗攻擊烏代德空軍基地而關閉空域。航班追蹤數據顯示，商業飛機已再次進入卡達空域，這表示多哈認為這個富裕國家所面臨的威脅已經解除。

這場衝突已造成數百人死亡。在以色列，至少有29人死亡，超過1000人受傷。根據華盛頓人權組織的統計，以色列對伊朗的空襲已造成至少974人死亡、3458人受傷，其中包含387名平民和268名安全部隊人員。美國國務院一位官員表示，政府、軍方和包機從週末開始，已經撤離了大約250名美國公民和他們的直系親屬。據估計，目前大約有70萬美國公民在以色列，其中大部分人同時擁有美國和以色列國籍。